A San Isidro Labrador se le han atribuido 438 milagros, todos ellos documentados y con testigos presenciales. He aquí unos cuantos de ellos.

Asistido por el Cielo
En las mañanas, antes de ir a trabajar, Isidro solía asistir a Misa en alguna de las Iglesias de Madrid. Un día, sus compañeros de la granja en la que trabajaba, se quejaron con el capataz, molestos pues Isidro, era un flojo, un holgazán y que a llegaba tarde a trabajar. Lo cual no era en absoluto cierto pues los campos de Isidro eran lejos los mejores y más cuidados, amén de que el Santo, les dedicaba menos tiempo. Así pues, el capataz decide espiar a Isidro durante una jornada entera para confirmar la veracidad de las quejas contra él. Observó con mucho enfado, que Isidro marchaba temprano a la Iglesia de Santa María, donde pasaba largas horas rezando, llegando por esta razón, tarde a realizar sus labores.
El caballero se decidió a abroncarlo mientras labraba. Para su sorpresa, andando hacía Isidro, vio que éste estaba flanqueado por unos ángeles y dos robustos bueyes blancos inmaculados que araban los campos. Estupefacto, pestañeó, y vio que el Santo estaba solo, labrando en silencio. Tras meditar unos instantes, el caballero interpeló a Isidro para que le explicase donde estaban los ayudantes que tenía para mantener los campos en óptimo estado, trabajando tan pocas horas. El labriego le contestó que no tenía más ayuda que la que le imploraba a Dios Nuestro Señor. El Caballero se percató del prodigio del que acababa de ser testigo e hizo saber a los ciudadanos de la Villa que en ese humilde labrador,residía la gracia divina.
Así de esta manera, Dios nos hace saber, lo importante de la vida contemplativa y de oración.

El trigo y las palomas
Un frío día de invierno, la nieve caía copiosamente cuando Isidro se dirigía al molino para moler trigo. En su camino, se encontró con una bandada de palomas, las que desesperadas, picoteaban buscando algo que llevarse al estómago. Sintiendo piedad de los pobres animales, Isidro, ante la burla de los eventuales espectadores, vacía mitad de su saco de trigo y prosigue luego su camino. Sin embargo, al llegar al molino, su saco, estaba nuevamente lleno al tope. Más aún, cuando el trigo fue molido, produjo el doble de la cantidad de harina que se esperaba.

La olla de guisado
Isidro era conocido por su piedad hacia los demás, de tal forma que su esposa María, mantenía siempre una olla con guisado caliente en el fuego, pues Isidro tenía por costumbre invitar a cenar a cualquiera que estuviese hambriento. Un día, Isidro llevó a una cantidad no precisada de personas, pero que definitivamente, era un número mayor al usual. Como era costumbre en esa casa, María comenzó a servir a los invitados, quienes por ser muchos, hicieron que pronto se acabase el guiso. María hizo saber a Isidro que la olla estaba cadí vacía, pero este le replicó que revisase nuevamente. Así lo hizo María quien para su sorpresa, encontró más guiso dentro de la olla y pudo así alimentar a todos ellos.

El pozo de San Isidro
Este es muy probablemente, el milagro más conocido del Santo. Un día mientras Isidro se encontraba trabajando en el campo su hijo Illán cayó dentro de un pozo bastante profundo, María desesperada, va a buscar a Isidro pata contarle la tragedia. Ya estando frente al pozo, ambos de rodillas se pusieron a rezar y de pronto, de manera milagrosa e inexplicable, el nivel de agua comienza a subir, llevando al niño hasta la superficie.
Este pozo es el que se puede ver si se visita el Museo de los Orígenes o Museo de San Isidro en la Plaza de San Andrés. (entrada gratuita)

La fuente milagrosa
Se hallaba Isidro labrando las tierras de los Vargas como de costumbre. Era verano, el calor derretía los aperos y endurecía la tierra. Juan de Vargas apareció sofocado y jadeante, miró a Isidro y le pidió agua para beber. El Santo, que había terminado sus reservas, tomó su cayado, miro al cielo, hizo la señal de la cruz, y golpeando el suelo varias veces dijo: <>. El agua comenzó a brotar a torrentes del suelo, satisfaciendo la petición de su Señor, que quedó absorto ante la magnitud de aquel milagro. En el lugar donde el santo golpeó el suelo se construyó la afamada fuente cuyas aguas milagrosas poseen propiedades curativas y, con la Ermita de San Isidro mandada construir por Isabel de Portugal, es lugar de obligada peregrinación el 15 de Mayo.

Sanación de Felipe III
Este es considerado uno (sino el más importante) de los más importantes milagros de San Isidro y que valiera la beatificación.
Estando Felipe III gravemente enfermo, pidió que le llevaran el cuerpo de San Isidro para ver si de esta forma su salud mejoraba. El cuerpo del Santo (fallecido algunos siglos antes) se conservaba incorrupto y había sido para muchos, fuente de milagros.La presencia del cuerpo tuvo un inmediato efecto sanador y en agradecimiento, el Rey inició los trámites de una beatificación que tuvo lugar el 14 de abril de 1619.