Fue en el año 1984 en que el Obispo de Fátima, Monseñor Alberto Cosme do Amaral, confirmase que el tercer secreto de Fátima (o la tercera parte del secreto) tenía muy poco que ver con una tercera guerra mundial o una apocalíptica guerra atómica entre super potencias. Más bien, estaba intrínsecamente relacionado con la religión católica y hacía referencia a una perdida de la Fe, un periodo de apostasía. La iglesia católica, debería (al igual que su fundador, nuestro Señor Jesucristo) pasar por su propia pasión, muerte y resurrección (tal cual se expone en el 675 del catecismo de la iglesia católica).

La hermana Lucía, afirma en su tercera memoria (completada en Agosto de 1941), que en realidad se trataría de un solo secreto pero dividido en 3 diferentes partes: Cada uno consta de una visión y de la explicación que hiciera de la misma nuestra Santísima Madre:

“Ha llegado el momento de revelar las primeras dos partes del Secreto. El secreto consta de tres cosas distintas, de las cuales voy a revelar dos”.

No obstante, guardó silencio sobre la tercera parte del Secreto, ya que no había recibido aun permiso del Cielo para revelarlo.
En su cuarta memoria (completada en Diciembre de 1941) Sor Lucia nos entrega finalmente la primera frase de la tercera parte del secreto:

“En Portugal, se conservará siempre la doctrina de la Fe, etc…”

Esta frase, es una promesa que la Fe verdadera será preservada en ese país, aunque en su vaguedad no dice por quienes. Entonces, si en Portugal la Fe verdadera será preservada, ¿que se supone que ocurrirá en el resto del mundo? El Padre Messias Dias Coelho, portugués, concluyó que, “esa alusión, tan positiva por lo que va a ocurrir entre nosotros, nos sugiere que todo será diferente a nuestro alrededor. …”

El archivista oficial de Fátima; el padre Alonso, en su momento sostuvo que la frase en cuestión, necesariamente implica un estado muy crítico de la Fe alrededor del mundo, del cual Portugal será preservado y que se trataría nada más y nada menos de aquel periodo que precedería al triunfo del Inmaculado Corazón de María:

“Si en Portugal se conservarán siempre los dogmas de la Fe, … se deduce con toda claridad que en otras partes de la Iglesia esos dogmas, o se van a oscurecer, o hasta se van a perder. Sería, pues, del todo probable que en ese período intermedio a que nos estamos refiriendo (después de 1960 y antes del triunfo del Inmaculado Corazón de María, el texto haga referencias concretas a la crisis de la Fe en la Iglesia y a la negligencia de los mismos pastores“.

Reconocidas autoridades de la Iglesia han confirmado tales conclusiones sobre la Tercera parte del Secreto, que como hemos visto, hacen clara referencia a una pérdida de la Fe sin precedentes, a una apostasía, de la cual Portugal será preservada. En 1984 el Obispo de Fátima dijo, “la pérdida de la Fe de un continente es peor que la aniquilación de una nación; y es cierto que la Fe está disminuyendo continuamente en Europa”. Y en su entrevista con Vittorio Messori, el cardenal Ratzinger confirmó esa conclusión cuando dijo que la parte final del Secreto habla de “los peligros que amenazan la Fe y la vida de los cristianos, y por lo tanto del mundo”.